1943 : les militaires américains se livrent à une expérience secrète visant à rendre invisible les navires de guerre. L'USS Eldridge n'est jamais réapparu. 2012. Les autorités relancent l'expérience de Philadelphie. Contre toute attente, l'USS Eldridge réapparaît. Mais il apporte avec lui la mort et la destruction. Comment le renvoyer dans le passé ?...
Le navire spatial Nautilus, envoyé en mission d'exploration sur la planète Mercure est détruit dans d'étranges conditions. Les observations scientifiques montrent que la planète a quitté son orbite, et se dirige vers la Terre. La collision semble inévitable, mais l'armée bénéficie d'une arme secrète...
Deux militants écologistes sont les premiers témoins d'un phénomène aussi étrange que dévastateur. La croissance démesurée d'une graine dont les racines s'étendent désormais sur plusieurs dizaines de kilomètres, menaçant de détruire plusieurs grandes villes. Confrontés à une situation hors de contrôle, un agent du FBI et une bio-archéologue découvrent que le monstre végétal apparaît à une époque très réculée. Né dans le Jardin d'Eden, cité dans un chapitre secret des Manuscrits de la Mer Morte, puis génétiquement modifié par un savant, il se nourrit de la pollution de la Terre. Ce qui lui assure de conquérir toujours plus de terrain...